1. 技術(shù)原理與實(shí)驗(yàn)流程
1.1遺傳位標(biāo)的選擇
45個(gè)SNP位點(diǎn)在小鼠基因組上的分布如圖1所示，針對各SNP位點(diǎn)側(cè)翼進(jìn)行引物和探針設(shè)計(jì)。
圖1 48個(gè)SNP位點(diǎn)在小鼠基因組上的分布
1.2技術(shù)原理－－高通量PCR-LDR分型
高溫連接酶檢測反應(yīng)技術(shù)是一種成熟的SNP分型檢測方法。其原理是高溫連接酶檢測到模板DNA與兩條探針DNA的接頭處存在著堿基錯(cuò)配，則連接反應(yīng)不能進(jìn)行,如圖2所示。針對這45 SNP位點(diǎn)，將其分成4組（圖1中a,b,c,d），每組進(jìn)行多重PCR-LDR分型。
1.3實(shí)驗(yàn)流程
實(shí)驗(yàn)流程見圖3
2實(shí)驗(yàn)結(jié)果及分析
2.1測序儀檢測結(jié)果
PCR-LDR 產(chǎn)物測序儀檢測結(jié)果如圖4，從圖中可見，分型信號清晰唯一，無雜信號的干擾。此外，對部分位點(diǎn)經(jīng)sanger測序驗(yàn)證，分型準(zhǔn)確度為100%。
圖4：測序儀檢測結(jié)果（第二組為例）
2.2遺傳質(zhì)量檢測的有效率
對10個(gè)近交系小鼠的3批樣本（共66個(gè)）進(jìn)行檢測，結(jié)果顯示，不同來源的相同品系SNP狀態(tài)完全一致。45個(gè)SNP位點(diǎn)全出的概率為100%。表明這套方案對于實(shí)驗(yàn)中的樣本45個(gè)SNP位點(diǎn)完全有效。同時(shí)所測樣本在這些位點(diǎn)處基因型均為純合，驗(yàn)證了這十個(gè)常見近交系小鼠品系為純系。
十個(gè)品系間兩兩進(jìn)行位點(diǎn)差異比較（共45對），最大差異位點(diǎn)數(shù)為29個(gè)，最小位點(diǎn)差異數(shù)7個(gè)；平均差異位點(diǎn)個(gè)數(shù)為19，差異位點(diǎn)數(shù)中值為20(圖5)。由此可見45個(gè)SNP位點(diǎn)在這十個(gè)常見近交系小鼠品系中的鑒定效率較高。
圖5 任意兩個(gè)品系差異等位基因數(shù)目的分布圖
3 服務(wù)流程
3.1 標(biāo)準(zhǔn)服務(wù)流程
1)客戶溝通，確認(rèn)檢測小鼠品系以及樣本數(shù)，提示實(shí)驗(yàn)可行性。
2) 建立實(shí)驗(yàn)方案，并在此過程中和客戶保持密切溝通。
3) 大規(guī)模實(shí)驗(yàn)，有嚴(yán)格的指控流程保證實(shí)驗(yàn)結(jié)果可靠
3.2 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)質(zhì)量控制流程
1) 所有分型信號要求信號清晰唯一，排除不確定信號干擾。
2) 每板數(shù)據(jù)中都有陰性對照，質(zhì)控PCR和LDR污染數(shù)據(jù)。
3) 整個(gè)實(shí)驗(yàn)服務(wù)流程有15%的雙盲重復(fù)對照，保證數(shù)據(jù)準(zhǔn)確可靠。
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